Thành phố được thành lập vào năm 1571 và được đặt theo tên của ngôi làng Sikri tại vị trí này trước đó. Buland Darwaza được xây dựng để vinh danh Cuộc chinh phục Gujarat của Akbar thắng lợi. Khi đó, thành phố được biết đến là Fatehpur Sikri - Thành phố Chiến thắng. Akbar sau đó bỏ rơi thành phố vào năm 1585 khi ông đi chiến đấu trong một chiến dịch ở Punjab, trước khi nó bị bỏ rơi hoàn toàn vào năm 1610. Lý do bị bỏ rơi có lẽ là do nguồn cung cấp nước, mặc dù cũng có thể là do Akbar không còn hứng thú với nơi này, khi nó được xây dựng do sở thích của ông.[3] Ralph Fitch, một thương nhân người Anh đã có những ghi chép về nơi này. Ông mô tả, "Agra và Fatehpore Sikri là hai thành phố rất lớn, nó còn lớn hơn nhiều so với London, và rất đông dân. Giữa Agra và Fatehpore có khoảng cách 12 dặm và khoảng cách đó là một thị trường lương thực và những thứ khác, người dân có đầy đủ như thể ở trong một thị trấn, và có rất nhiều người như thể đang ở trong khu chợ".[4]

Akbar đã đến thăm thành phố chỉ một lần vào năm 1601 sau khi rời bỏ nó. William Finch đến thăm thành phố 4-5 năm sau khi nó bị bỏ hoang hoàn toàn, "Tất cả chỉ là sự hủy hoại" giống như một "Sa mạc hoang phế".[5] Trong trận dịch bệnh dịch hạch từ 1616-1624, Jahangir ở lại đây ba tháng vào năm 1619.[6] Muhammad Shah ở lại đây một thời gian và công việc sửa chữa được bắt đầu lại. Tuy nhiên, với sự suy tàn của đế chế Mogul, điều kiện của các tòa nhà trở nên tồi tệ hơn.

Trong khi truy đuổi các tàn quân của Daulat Rao Sindhia vào tháng 10 năm 1803, Gerard Lake đã để lại những khẩu súng và hành lý cồng kềnh trong thị trấn.[7] Sau khi chiếm Agra vào năm 1803, người Anh đã thành lập một trung tâm hành chính ở đây và nó vẫn duy trì cho đến năm 1850.[8] Năm 1815, Hầu tước xứ Hastings đã ra lệnh sửa chữa các di tích tại Sikri và Sikandra.[9] Sau đó nó là một đô thị từ năm 1865 đến 1904 và sau đó đã trở thành một khu vực hội đồng. Dân số năm 1901 là 7.147 người.[10]